La loi n° 2016-1087 du 8 août 2016 pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages transforme – uniquement pour les départements d’outre-mer – les comités de bassin en comités de l’eau et de la biodiversité qui assureront donc à la fois les missions des comités de bassin (élaboration des schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux, proposition des programmes de travaux et de redevances des offices de l’eau) ainsi que celles exercées, en métropole, par les comités régionaux de la biodiversité, créés par la même loi.
Un décret du 27 mars 2017 précise la composition de ces comités de l’eau et la biodiversité. Il prolonge les mandats des membres des conseils d’administration des offices de l’eau (qui avaient été choisis au sein du comité de bassin) jusqu’à la première réunion du nouveau comité de l’eau et de la biodiversité (au plus tard le 30 septembre 2017). Un arrêté du 14 avril 2017 détermine les modalités de désignation des représentants des différents collèges.