La partie I de l’article L1331-1-1 du code de la santé publique énumère plusieurs cas d’exonération de l’obligation d’être équipés d’une installation d’ANC. Parmi ces cas, figurent notamment « les immeubles qui sont raccordés à une installation d’épuration industrielle ou agricole, sous réserve d’une convention entre la commune et le propriétaire définissant les conditions, notamment financières, de raccordement de ces effluents privés ».
Deux principaux schémas d’évacuation des eaux usées peuvent être envisagés dans une exploitation agricole : le stockage puis la valorisation par épandage agronomique, ou le traitement des effluents peu chargés suivi d’une évacuation par épandage.
La FNCCR est souvent interrogée au sujet de la fosse à lisier : peut-elle être considérée comme une installation d’épuration agricole ? Une réponse positive peut être apportée si le lisier est éliminé dans des conditions ne créant ni pollution, ni risque sanitaire (valorisation par épandage agronomique dans des conditions règlementaires). Les eaux usées domestiques peuvent alors rejoindre la fosse à lisier (qui n’est qu’un dispositif de stockage) dans la mesure où elles ne représentent qu’une faible part de la charge organique entrante.
Mais attention, le SPANC n’est pas compétent en matière d’effluents d’installations agricoles (sa mission est limitée aux installations d’ANC traitant les eaux usées d’origines domestique et assimilée domestique, comme l’indique l’article 1 de l’arrêté « prescriptions techniques » du 7 septembre 2009, modifié par l’arrêté du 7 mars 2012). L’article L1331-11-1 du code de la santé publique est d’ailleurs cohérent avec cette délimitation de la mission du SPANC puisqu’il indique que le contrôle effectué au moment des ventes des immeubles non raccordés à un réseau public de collecte des eaux usées concerne uniquement les immeubles « à usage d’habitation » et non les autres immeubles tels que les exploitations agricoles.
Par conséquent, le SPANC contrôle uniquement la partie qui le concerne, c’est-à-dire le bon raccordement des eaux usées de l’habitation jusqu’au dispositif d’épuration agricole. A ce titre, l’installation d’un dispositif de prétraitement des eaux usées domestiques (fosse toutes eaux) est souhaitable avant le rejet dans une « installation d’épuration agricole ». Même s’il n’est pas mentionné par la règlementation, le dispositif de prétraitement peut être imposé par le SPANC dans le cadre de la convention à signer. Par ailleurs, le SPANC doit clairement mentionner dans ses rapports de visite qu’il n’a ni contrôlé l’installation d’épuration agricole, ni évalué les risques de pollution pouvant résulter de son utilisation, afin d’informer les destinataires des rapports qu’il n’est pas compétent pour réaliser le contrôle d’une installation à caractère agricole, et ainsi éviter des recours ultérieurs contre le SPANC en cas de dysfonctionnement de cette installation.